为深入开展区内通用航空短途运输，发展通用航空产业经济，落实通勤航空先行先试，努力实现“县县通、及时达”领先发展战略，2013年10月，由中国航空工业集团所属中航通飞华北公司与呼伦贝尔市政府共同出资组建呼伦贝尔中航通用航空有限公司，公司成为国内首家具备CCAR-135部通用航空（短途运输）甲类运营资质的航空企业。2015年经自治区政府批复，内蒙古民航资产管理有限公司和中航通飞华北公司在呼伦贝尔中航通用航空的基础上，增资扩股改制成立内蒙古通用航空股份有限公司。公司注册资本4.61亿，总部位于呼和浩特市。

公司本着“强基础、促发展，建设国内一流通用航空公司”的理念，致力于发展内蒙古地区通勤航空业务，为国家探索通用航空短途运输经营模式并积累运营经验，创新交通出行方式，服务人民生活。在民航局的领导下，在自治区各级政府、空军支持下，公司已形成14架飞机的机队规模。其中，空中国王350i型1架，Y12E型2架，其中塞斯纳208陆上型10架，水上型1架。公司具备专业化飞行团队、机务维修团队、运行保障团队。目前已经开通“海拉尔=满洲里”、“海拉尔=根河”、“根河=满洲里”、“呼和浩特=鄂尔多斯”等通用航空短途运输航线。2015年累计安全飞行1400余小时，极大的方便了边区百姓出行。

公司积极谋划全区通用航空短途客货运输网络布局。蒙东地区，在保持现有航线基础上，根据海拉尔地区通用航空机场建设进度，拟新增海拉尔至扎兰屯、新巴尔虎旗、阿荣旗、莫旗等航线，旅游旺季可包机运营满洲里-海拉尔-阿尔山-乌兰浩特-赤峰-锡林浩特东部旅游黄金线，巩固以海拉尔为中心的东北部航空枢纽，并可满足客户个性化、差异化需求。蒙中、蒙西地区利用空中国王350i型打造高端包机市场，利用塞斯纳C208B型飞机“短频快”的特点，继续深化地区通勤航空航线布局，利用通用航空特有方式实现呼包鄂金三角地区的互联互通。

内蒙古通用航空同时具备CCAR-91部运营资质，可承接空中游览、航空护林、航空摄影、环境与生态保护、航空物探、人工影响天气、灾情预警与防范、医疗救护、飞行培训、公务飞行、石油电力巡线、边境安防等业务。